《末日之戰2》在遊戲內容上與一代也有很大變化，已經從秘密的叢林作戰轉向了公開、大規模的現代城市戰爭。故事發生在距一代3年後的2023年。外星人在地球上的大片區域挑起了戰爭，各大城市都遭到攻擊，人口銳減，玩家將要進行捍衛地球的末日戰爭。

　　末日之戰2將不同於原作，原作中調查了神秘的隕石後，最後美軍艦隊全數擊沉，主角諾曼攜科學家海倫娜逃離之後，外星人入侵了世界的各個地點，並極大的改變了環境，倖存的人類不得不聯手起來對抗入侵者。

　　末日之戰2的主戰場因此改變至紐約，同時更有神秘勢力Crynet出現，末日之戰2的世界將比起原作更加的兇險和刺激，畫面更加清晰真實。