該作原本計劃是講述雷電在《潛龍諜影2》和《潛龍諜影4》之間的一段時間內發生的事情，但是白金工作室參與進來之後，為了有更廣闊的開發太空，將該作的故事時間移動到《潛龍諜影4》結束的幾年之後：強化骨骼在世界上飛速發展，產生大量生化電子人，影響了整個世界。