戰役部分緊接重返德軍總部新秩序的結尾，1961年，德國已佔領美國，玩家隨抵抗組織和德軍作戰，擊殺了操縱大型機甲的將軍死亡之首，最後將軍拋出了手雷，威廉·喬瑟夫·布拉柯威茲(玩家扮演的角色)身受重傷，後被隊友救回。

第一關，玩家所在的u型潛艇被德軍的空中艦艇滅絕者號使用大型磁鐵從水下吸起，敵兵登上潛艇猛攻，玩家醒來時發現下肢癱瘓，需要操縱輪椅才能移動，拿著衝鋒槍殺出一條血路，找到科學家賽特，他用電磁武器攔截敵人，玩家再拿著衝鋒槍殺上甲板，反抗軍的女長官人卡洛琳被敵人俘虜，玩家為了保住其他人，向德軍假意投降。

第二關，德軍女將軍艾琳·恩格爾將其全部帶回滅絕者號，她女兒希格蘭·恩格爾的政治觀念卻傾向於抵抗軍，出面阻攔她斬殺俘虜，但沒有效果，艾琳仍將卡洛琳斬首，想要斬殺佛吉斯·雷德時，他掙紮了一下，隻被斬斷了右臂，玩家穿上了卡洛琳留下的動力甲，可以直立行走，一路殺到控制室，斷開了磁力裝置，潛艇再次進入水下。然後再原路殺回，帶著卡洛琳的遺體，和佛吉斯、將軍的女兒乘坐逃生艙離開。

第三關，大家在潛艇上討論敵情時大家質疑如何被德軍發現，將軍的女兒提到他們在滅絕者號時收到了潛艇F區發出的信號，玩家去F區查看情況，這裡已經是個封閉區域，殘留著很多德軍，他們在潛艇上發出了信號，全部擊殺後摧毀信號站。

第四關是在潛艇裡去見科學家，他把去世的小貓的腦袋嫁接在一隻猴子的屍體上，結果存活了。玩家根據科學家的指示，擊毀靶場的無人機，潛艇的活動區域中還包含居住的艙室、酒吧、食堂、指揮部等處，佛吉斯裝上了一條機械臂。玩家的妻子在女長官人的辦公室裡找到了另一支抵抗隊伍的所在地，位於帝國大廈的頂樓。以前紐約已經被核彈摧毀，玩家穿著裝甲來到紐約，那裡已經一片廢墟，其中有很多穿著黃色防護服的德軍，帝國大廈前有個大型機器人，但沒什麽威脅，很容易擊毀。進入帝國大廈後和這支抵抗軍的人會面，指揮官是一個黑人婦女，叫格蕾絲，她的副手叫狂哥。德軍再次進攻，掩護他們從樓頂撤退，全部返回潛艇。

第五關，在潛艇上的F區尋找核彈頭，途中會遇到很多機器人，拿到後帶給賽特，讓他改裝。第六關，找到直升機，進行充電，找到格蕾絲，她提到德軍總部正在羅斯威爾，傳說以前有架飛碟墜毀在那裡，德軍可能在那裡研發新科技，賽特提到那裡以前是個美國基地，研究反重力科技，後來被德軍奪去。

第七關，玩家先到羅斯威爾和狂哥的餐廳和他碰面，在那裡遇到一個德國軍官，擊殺後進地下室，狂哥的父親建造了地下室，用來監聽美軍基地，還挖了一條隧道。玩家沿著隧道，前往德軍基地。隧道末尾是個火車站，除掉敵人後啟動火車，穿過車廂，殺到車頭，進入基地，把核彈放到了基地的裝置裡，然後再殺出基地，駕駛摩托車離開。

第八關，玩家來到小時候住過的農場，父親在二樓的房間裡等他，母親是猶太人，被父親供出，已被德軍抓走，弑父以後，德軍來襲，滅絕者號的觸角吸住了房屋，一番抵抗後擊毀了兩個觸角，房屋倒塌，被殘骸壓住後被俘。不久，狂哥假扮律師前往德軍監獄營救被殺，在車庫接應的友軍被擊退。數日後玩家先在媒體前被羞辱，又在法庭上受審，這裡會進入一段假想狀態，在法庭和敵人混戰，這裡需要拿到走廊裡的錘槍，繞著走廊打，然後攻上二樓，在辦公室裡能看到母親。清醒後被判死刑，在廣場前的高台上被艾琳斬首，賽特操縱機器人在下面接住了頭顱，插管後生還，又被接上了德軍超級戰士的軀體，還能選擇三種輔助裝備，巨蟒勒甲用於進入狹窄區域，增力盔甲可撞開薄鐵門，戰鬥步行器類似高蹺，可以提高玩家的高度。

第九關，美國最大的抵抗組織位於紐奧良，首領是霍頓，德軍正在圍攻此處，玩家進入核子避難所，開始階段受異塵餘生影響，生命值會持續減少，進入基地後恢復正常。中途會遇到兩隻機械狗，生命值較高。這關末尾能拿到戰鬥手槍，拿到有關紐奧良的檔案，大門打開後要找到呼吸器才能防止生命值下降，乘坐直升機返回。

第十關，玩家把紐奧良的檔案交給格蕾絲，去路易斯安那州的紐奧良，沿途清除掉敵人，大部分場景都可以用重型武器打，在美國銀行找到霍頓，然後騎著蒸汽怪獸掩護霍頓等人撤退，進下水道進入燃燒的房屋，登上潛艇後發射了一枚核彈，干擾了滅絕者號的抓捕活動。

第十一關，德國總司令部在被炸毀後，不得不遷移到了金星，同時他們在召集演員，要選人扮演布拉柯威茲，準備拍攝電影，選角活動在金星上進行，為了再次摧毀司令部，布拉柯威茲綁架了一個男演員，並冒名頂替了他，前往金星，在這裡遇到了其他三名男演員。掌握最終決定權的人居然是元首希特勒，老年的希特勒已經是花白頭髮，依然神經質，有點迷糊，因不滿意其中兩人的扮演，將他們槍殺，最終選中了布拉柯威茲扮演布拉柯威茲。等到來到臥室，士兵發現了行李箱中的武器，布拉柯威茲大開殺戒，攻入指揮室，搶到了一件太空服，可在金星上行走，不過冷卻劑的作用時間有限制，必須經常補充才能繼續在室外活動。

第十二關，在金星表面上行進中殺敵，不久進入室內，又進入室外，作戰區域有間隔，中途出現了一條類似怪獸的新敵人，還能拿到超破壞步槍，最後在最高指揮部裡拿到奧丁密碼，駕駛飛碟回地球。返回潛艇時，似乎遭到敵人進攻，實際上是其他人給玩家過生日，大家喝的酩酊大醉，醒來時佛吉斯的機械手臂不見了，先要到餐廳裡找人詢問，得知他在求愛不成後拆了手臂去了機庫，接著去機庫用雷射槍燒開箱子，進通風管道找到手臂，返回酒吧給他裝上去。

第十三關，希格蘭·恩格爾破解了滅絕者號的密碼，趁艾琳參加訪談的機會，反抗軍乘坐直升機進攻滅絕者，末尾的出現了一種新型的機器人，還有很多重型機器人和步兵，要用四個高台上的雷神炮對付。結束以後進入控制室，獲得滅絕者的控制權。進入直播間後，用斧子殺死艾琳。

此外還有一些除掉各地指揮官的支線任務，在主線任務完成後可繼續執行。一共需要暗殺15個德國軍官，每次暗殺之前，需要坐到指揮室一只可以上升的椅子上，使用解碼機對迷式密碼解密，界面的上半部分是迷式密碼，每個迷式密碼分為上下兩部分，需要在14秒內在下半部分可以操縱的區域中尋找完全對應的圖形。每個指揮官有5到7個密碼需要解鎖。完成後才能在作戰地風雲圖上找到這個軍官。每個分支任務分布在不同的區域，地圖來自戰役，每個關卡敵人的數量並不多，消滅目標後獲取其身上的配件就可返回基地