《世紀帝國3：決定版》自發售後便遇到了許多問題，比如記憶體洩露以及崩潰問題。雖然官方發布了更新檔修復這些問題，但最近在論壇上又有許多玩家反映，遊戲出現了大Bug，硬碟資料竟然被刪除，這也讓不少玩家抱怨起來。

不少玩家跑到《世紀帝國》官方論壇反映，自己的電腦資料被刪除。有玩家指出，自己想玩多人遊戲時，遊戲突然關閉、不讓自己開啟，然後他關閉了Steam再次重啟，發現Steam居然無法運行了。然後他重啟了電腦，發現自己桌面上所有的檔案都消失了！還有玩家表示自己的整個Windows使用者檔案夾都被刪了。有部分玩家在Steam評論裡也提到，自己遭遇了硬碟資料被刪除的狀況。

《世紀帝國3：決定版》開發團隊在官網回復稱：感謝玩家的回報，目前團隊正在對此進行調查，並將此事視為首要任務。