《十三機兵防衛圈》將會以13位主角的視角來講述故事的發展。《十三機兵防衛圈》的故事背景設定在現代的日本,而在一場名為“那一天(that day)”的事件後絕望席卷了整個區域。然而,初生牛犢不怕虎,一位名叫“鞍部十郎”的男孩站了出來並發起了反擊。