寫在之前：本文內容都是根據遊戲中劇情、文物、音訊和文字檔案整理，由於很多重要的資料都沒有記錄時間在此只能通過個人的推測把它們串起來。本人是破解版玩家，集齊了所有單人模式收集品。無奈連線任務收集品無法入手，導致本文在內容方面或許會有不完整甚至和遊戲資料有抵觸的狀況。目前正打算入手正版中，250+大洋啊……

DS3中新出現的霸主殖民地勢力（以下簡稱SC）完全顛覆了地球政府在DS系列的歷史中獨霸“官方組織”的地位。雖然遊戲中沒有明確提及，不過從SC的官方文本中屢次提到的“分裂份子”以及雙方有不同的旗幟和臂章推測，地球政府最終推翻了SC而後統治了200年直到本作被腦殘教（統一教）推翻為止。以下提及的人物以及地名均以3DM軒轅漢化為基礎。

時光倒流，在本作開始前200年，一支霸主殖民地武裝（以下簡稱SCAF）特遣艦隊從內戰中抽身悄然來到了人類所能到達的最遠行星T—沃蘭提斯。這其實也是出於SC的無奈選擇，SC在內戰中已經漸漸露出敗勢迫切想找出無限能源來挽回敗局，於是用以前複製的三個紅色信標定位發現了這裡。然後重用以塞拉諾為首的一群以造福人類為出發點的科學家們開始了對這個所謂的“神印家園”的科考。

在正文開始前讓我們先認識一下SCAF特遣艦隊中的主要人物，他們的存在都或多或少地影響了艦隊的命運甚至在200年後仍乾預了我們英勇神武的宇宙第一工程師艾薩克。

塞拉諾教授：只要是跨越時代的電影、小說或者是遊戲，幾乎都有一個強到爆炸但卻沒有主角最後一戰保護的悲劇角色來跨越時光給真正的主角指路，而塞拉諾博士正是其中之一。他從一開始就懷著造福全人類的熱忱投入了研究。他抵抗著神印和“衛星”的雙重影響通過多方面的調查研究一步步走向真相，從通過“紐帶”的神經脈衝找到“遠古機器”的所在，再到通過唯一一隻存活的正常羅塞塔發現“遠古機器”的真實用途以及“衛星”的真面目。然而在臨門一腳時卻被同屬SCAF勢力的保守派馬哈德少將干擾鬱鬱而終，但他留下的大量線索給了艾薩克寶貴的指引，最終讓後者超越自己達成了自己200年前的願望。

馬哈德少將：特遣艦隊二把手，典型的職業軍人，重視效率和忠誠勝於一切。於是就有了把完全不被人接受的163死神部隊帶在身邊的奇怪行為，在自己的上司艦隊司令官格拉弗斯發瘋後掌握了艦隊的實權。由於對此次行動一開始就抱不滿態度外加和塞拉諾性格不合，他一直在給後者找麻煩。後來還背著對方向殖民地議會提議通過第5號預案用於抹煞一切，最終讓教授的計劃破產。但他並不是膽小鬼，最後通過了結自己的生命來完成了第5號預案。但他所做的只是把末日推遲了200年，將這個爛攤子留給了艾薩克，並且間接導致了SC退出人類歷史舞台。

司令官格拉弗斯：特遣艦隊的一把手，塞拉諾的支援者。可惜她在抵達T—沃蘭提斯後不久就在神印和“衛星”的影響下發瘋，其後繼者馬哈德少將最終破壞了塞拉諾的計劃。而她的瘋言瘋語也誤導了艾薩克，讓他在很長一段時間內都想著TURN IT OFF，去關掉所謂的麻煩源頭——“遠古機器”。

拉姆利軍士長：艦隊地面部隊補給站站長。怎一看，他只是個在檔案和語音中被提到的小人物，然而卻因為掌握著所有地面部隊的給養和留下了唯一的時間記錄而成了在歷史上留名的重要人物。他在跟墜落的富蘭克林號穿梭機上的那些被神印和“衛星”影響計程車兵接觸後最終發瘋，毀掉所有補給後成了以屍變體為食的活屍（2代娃娃怪的瘦小版），是行星上出現活屍的罪魁禍首，最後多半死在探索補給站的艾薩克的槍口下。

提姆*考夫曼：列兵，路人甲。據在軍械庫支線的資料來看，他應該是其中的一名守衛。在接到塞拉諾教授絕望的請求後作為為數不多的幾個正常人毅然幫忙尋找密匙，在曇花一現的上佳表現後最終被為完成第5號預案的馬哈德少將所殺，讓教授鬱鬱而終。

山姆*阿克曼：列兵，路人乙。據資料顯示，他是行星上的中繼站中唯一一個拒絕食用屍變體而幸存下來的正常人，而他躲開身邊眾多前戰友的技能也給了艾薩克寶貴的提示。在接到塞拉諾的請求後他毅然和提姆並肩作戰，最終雙雙身亡，把擔子留給了200年後的艾薩克。（此人很悲慘，不能連線又不看序章簡介的玩家多半會忽視他的存在，隻把他當做語音檔案裡的一個路人。）

SCAF：本作新出現的已滅亡勢力的武裝部隊。通過資料推測，霸主殖民地並不是行星上的那個廢棄基地（5號預案的目的就是保護霸主殖民地和人類），而是在其他地方的一個以一隻白色雄鷹為象徵，勢力強大到可以越俎代庖取代地球作為人類統治者的大型殖民地勢力。不過在200年前，內憂外患之下面對分裂份子（後來的地球政府）的內戰和此次遠征失敗的雙重打擊最終退出了歷史舞台。

特遣艦隊作為當事人雖然只是在序章中曇花一現，但根據軍士長拉姆利的記錄和序章一開始顯示的時間卻可以發現SCAF已經在T—沃蘭提斯呆了近3年。拉姆利在2311年8月29日的記錄中提到初始降落區已經建好了，富蘭克林號（已墜毀導致補給站滅亡）和克羅吉亞號（艾克薩一行用來搶灘）帶著挖掘隊跟科研人員登陸行星，說明第一批人員到來的時間還要靠前。而序章中提姆和山姆出場的時間是2314年6月18日，特遣艦隊就在沒有外援又自身麻煩不斷情況下苦撐了3年。